Estudo de caso-controle de infecção por Clostridium Innocuum, Taiwan

Clostridium innocuum resistente à vancomicinafoi recentemente identificado como agente etiológico dediarreia associada a antibióticosem humanos. Conduzimos um estudo de caso-controle envolvendo 152 pacientes infectados por C. inoculum de 2014 a 2019 em Taiwan, usando 304 casos de infecção por Clostridioides difficile (CDI) pareados por ano de diagnóstico, idade ({{7 }} anos) e sexo como controles. As características basais foram semelhantes entre os dois grupos. Pacientes infectados por C. inoculum apresentaram mais infecção extraintestinal por clostrídios e complicações relacionadas ao trato gastrointestinal do que pacientes com ICD. A taxa de mortalidade em 30-dias entre pacientes infectados por C. innocuum foi de 14,5% e a taxa geral foi de 23,0%.Doença renal crônica, tumor sólido, admissão na unidade de terapia intensiva e estado de choque foram quatro fatores de risco independentes para morte. C. inóculo identificado a partir de amostras clínicas deve ser reconhecido como um patógeno que requer tratamento e, devido à sua resistência intrínseca à vancomicina, é necessária uma identificação precisa para orientar a terapia antimicrobiana apropriada e oportuna

UMA ERVA QUE VOCÊ CONHECERÁPARA DOENÇA RENAL

Espécies de Clostridium are obligate anaerobic, endo-spore-forming bacilli that usually colonize the gastrointestinal tracts of humans. Of the >200 species of Clostridium, >30 são potenciais patógenos em humanos, como C. perfringens e Clostridioides difficile. No entanto, C. innocuum raramente foi descrito como associado a doenças humanas. C. inoculum foi identificado pela primeira vez na década de 1960 entre 8 pacientes nos Estados Unidos; o nome invacuum descreve sua falta de virulência (1,2). Foi um desafio distinguir C. inoculum de outros

Espécies de Clostridium (especialmente C. ramosum e C. clostridia forme, juntos chamados de grupo RIC) por causa de seus fenótipos semelhantes de morfologia colonial atípica, características raras de formação de esporos e padrão de ácidos graxos (3–5). A identificação de C. inoculum tornou-se mais rápida e precisa após a introdução de técnicas moleculares, como sequenciamento de RNA 16S e espectrometria de massa de tempo de voo de dessorção/ionização a laser associada à matriz (MALDI-TOF) (6).

Em 1995, Cutrona et al. relataram o primeiro caso de endocardite causada por C. innocuum (7). Embora a bactéria fosse considerada menos patogênica e raramente causasse infecções anteriormente, mais e mais evidências clínicas surgiram desde a década de 2000, sugerindo que C. inoculum pode ser uma causa potencial de diarreia associada a antibióticos e infecção extraintestinal por clostrídios nais (EICI), como bacteremia , infecção intra-abdominal e endocardite (8–10). No entanto, não temos conhecimento de um estudo sobre infecção por C. innocuum com uma coorte de pacientes suficientemente grande para descrever suas características clínicas.

O diagnóstico preciso de C. inoculum é necessário devido à sua resistência intrínseca única à vancomicina, presumivelmente causada pela presença de 2 genes cromossômicos que permitem a síntese de um precursor de peptídeo-glicano que termina em serina com baixa afinidade à vancomicina (9,11). Embora a vancomicina seja um dos medicamentos antimicrobianos recomendados para tratar infecções causadas por espécies de Clostridium, especialmente C. difficile, a resistência intrínseca à vancomicina em C. inoculum representa o risco de tratamento inadequado para pacientes que adquirem infecção por C. inoculum (12). C. difficile é uma das espécies tridiais próximas mais representativas para causar doenças humanas e tem sido bem investigada. Nos Estados Unidos, ≈500,000 infecções foram identificadas anualmente, e 15,000–30,000 mortes foram associadas à infecção por C. difficile (CDI) (12–14)

Em estudos anteriores, demonstramos C. innocum como um potencial patógeno invasivo causador de colite grave e EICI em uma pequena série de casos e comprovamos sua toxicidade celular in vitro (8,9). Aqui, conduzimos um estudo retrospectivo de caso-controle para descrever e avaliar as características clínicas e os resultados das infecções causadas por C. inoculum. Para tanto, selecionamos pacientes casos com ICD como grupo controle. Os Conselhos de Revisão do Instituto do Hospital Chang Gung Memo Rial (CGMH; Taoyuan, Taiwan) aprovaram o estudo, permitindo uma revisão dos dados médicos dos pacientes (IRB#201900906B0). Foi concedida dispensa de consentimento dada a natureza retrospectiva do projeto e análise anônima das informações clínicas dos pacientes.

Métodos

Desenho do estudo, cenário clínico e inscrição de casos

We conducted a retrospective case-control study at CGMH during 2014–2019. CGMH is a tertiary medical center accommodating 3,700 patient beds. We selected C. difficile as the control to better illustrate the clinical features of C. innocuum infection. The case and control groups were assigned in a 1:2 ratio and matched in the diagnosed year, age +2 years, and sex. We identified cases with C. innocuum and C. difficile infections using the rapid ID 32A system (bioMérieux, https://www.biomerieux.com) and MALDI-TOF mass spectrometry Biotyper (Bruker Daltonik GmbH, https://www.bruker.com) (15– 17). MALDI-TOF mass spectrometry was introduced in 2009 in the clinical microbiology laboratory of CGMH, but C. innocuum was not reported routinely because it was considered a clinically insignificant microorganism. To trace the cases infected with C. inoculum, we reviewed the original reporting database from the MALDI-TOF mass spectrometry system directly and identified the samples reporting C. inoculum. Our definition of a microbiologically confirmed C. inoculum infection was that the original report from the MALDI-TOF mass spectrometry database revealed C. inoculum in the strongest 2 signals and had signal scores >2.00. Definimos infecções por C. difficile pelo mesmo raciocínio. Revisamos as informações iniciais de cada paciente e incluímos todos os pacientes com infecção por C. inoculum no estudo. Definimos infecção por C. difficile como um ensaio de toxina baseado em PCR positivo com a presença de sintomas clínicos compatíveis com a infecção, ou uma cultura positiva de C. difficile com sintomas clínicos compatíveis (por exemplo, diarreia documentada ou características radiológicas de megacólon tóxico). Excluímos do estudo casos com C. inoculum e C. difficile concomitantes isolados da mesma amostra clínica. Para a correspondência caso-controle, três autores (Y.-C. Chen, Y.-C. Kuo e M.-C. Chen) revisaram as informações iniciais de todos os casos com infecção por C. innocuum e C. difficile. Selecionamos aleatoriamente 2 controles para cada caso, pareados por ano de diagnóstico, idade (+2 anos) e sexo do caso índice. Se nenhum controle fosse elegível a partir dessas três variáveis ​​correspondentes, abandonávamos o critério de sexo, seguido pelo critério de idade, se necessário. Após o processo de pareamento, revisamos ainda mais as informações clínicas desses pacientes.

Recursos, variáveis ​​e definição de dados clínicos

We collected demographic data, clinical manifestations, laboratory testing results, images, and mimicrobiology reports through an electronic medical record system (EMR). Demographic data were age, sex, race, underlying systemic diseases, and acquisition modality (community vs. hospital). We defined hospital-acquired infection as the symptoms that occurred>48 horas após a admissão, ou<4 weeks after discharge from a healthcare facility; otherwise, it was classified as a community-acquired infection (18). We calculated the Charlson Comorbidity Index score for each patient to represent the baseline physiologic condition affected by an underlying disease. The index is composed of 19 underlying conditions in 4 categories. Each category had a weighted score based on the risk for 1- and 10-year mortality rate (19). We recorded clinical symptoms such as diarrhea, fever, bloody stool, abdominal pain, vomiting, and abdominal distension. We also reviewed disease-related complications, including toxic megacolon, ileus, bowel perforation, and shock. Recurrent infection was defined if the patient had a repeated microbiological culture from the same specimen source within 8 weeks of initial documented symptoms resolution (20,21). Outcome assessment includeed 30-day, 90-day, and overall deaths after the infection. We reviewed previous antibiotic exposures according to each class: penicillins, cephalosporins, carbapenems, fluoroquinolones, aminoglycosides, macrolides, tetracyclines, glycopeptides, oxazolines, polymyxins, lincosamides, and metronidazole. We defined antibiotic exposure rates as the percentage of patients who received any drugs <30 days before C. inoculum or C. difficile infection and duration of antibiotic exposure as the total days of any antimicrobial drug use in a patient <30 days before the event of C. inoculum or C. difficile infection.

Isolamento e identificação bacteriana

Realizamos culturas bacterianas anaeróbias no laboratório de microbiologia clínica, conforme descrito anteriormente (9). Semos todas as amostras anaeróbicas na placa de ágar seletivo, incluindo CDC-ANA BAP (placa de ágar sangue anaeróbico), CDC-ANA-PEA (placa de ágar sangue com álcool feniletílico anaeróbico) e BBE/KVLB (esculina biliar Bacteroides e canamicina lacada) bi-placa. Incubamos placas de ágar em condições aeróbias (90% N2/10% CO2) a 37 graus por 5 dias. Revisamos grosseiramente as colônias em crescimento em uma placa e analisamos 1 colônia representativa para cada placa de ágar pelo sistema rápido ID 32A (bioMérieux) para identificação dos microrganismos.

Tabela 1. Características basais e diagnósticos clínicos em 2 grupos de pacientes pelas espécies infectantes de Clostridium em estudo caso-controle de infecção por C. inoculum, Taiwan*

Teste de suscetibilidade antimicrobiana

Testamos suscetibilidades antimicrobianas à clindamicina, metronidazol, penicilina, piperacilina e ampicilina/sulbactam pelo método de diluição em ágar de ponto de ruptura de acordo com os critérios do Clinical and Laboratory Standards Institute (documento M11-A8) para uma bactéria aeróbica (22) . Utilizamos critérios interpretativos no documento M100S para determinar a suscetibilidade (22).

Análise Estatística

Realizamos análises estatísticas pelo SPSS Statistics 24.0 (SPSS Inc., https://www.ibm.com/products/spss-statistics). Para variáveis ​​contínuas, determinamos a significância usando o teste t independente ou o teste U de Mann-Whitney, conforme apropriado. Caso a variável contínua apresentasse outliers e não se enquadrasse na distribuição normal, as variáveis ​​foram apresentadas como mediana (intervalo interquartil, intervalo). Analisamos as variáveis ​​categóricas pelo teste χ2 e consideramos p<0.05 statistically significant. We obtained odds ratios (ORs) from cross-tabulation and analyzed the p-value of ORs by univariate logistic regression. We estimated the mortality rate at 30 days and 90 days after the positive culture and analyzed it by Kaplan-Meier survival analysis using methods described previously (23). In addition, we examined risk factors associated with 30- and 90-day mortality in both groups by logistic regression.