Entendendo a rapidez com que as variantes de SARS-CoV-2 são transmitidas a partir de estudos domiciliares
Mar 29, 2022
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A distribuição do tempo de geração, g(t), é usada por epidemiologistas para monitorar a propagação da doença e avaliar os efeitos da intervenção com base nos novos casos relatados diariamente, χ(t), usando uma identidade simples:
Rt {{0}} χ(t)/∫0∞χ(t–s)g(s)ds
onde Rt é o número reprodutivo efetivo em um tempo específico (t). Além disso, a distribuição do tempo de geração é usada pelas autoridades de saúde para orientar as políticas de isolamento e quarentena (por exemplo, o contato próximo de um caso identificado pode ser recomendado para auto-quarentena por um período que corresponde ao intervalo máximo de geração mais o período máximo de incubação).
As sucessivas ondas deSARS-CoV-2variantes têm mostrado uma tendência geral de aumento da transmissibilidade. A transmissibilidade relativa de variantes emergentes de preocupação foi supostamente maior do que para variantes anteriores, com aumentos no Rt de 29-90 por cento para a variante alfa (B.1.1.7) e 97 por cento para a variante delta(B.1.617.2).1,2 A maioria dos estudos de modelagem de transmissão e controle de variantes requer a distribuição do tempo de geração como entrada. Devido a dados insuficientes, a análise de novas cepas geralmente assume a mesma distribuição de tempo de geração de uma cepa ancestral.1–3 Vários estudos4,5 relataram um período médio de incubação reduzido de 3,5 a 4,4 dias para o alfa e o delta variantes em comparação com a linhagem ancestral, implicando tempos de geração mais curtos, dada a transmissibilidade pré-sintomática deSARS-CoV-2. Apenas alguns estudos estimaram os tempos de geração diretamente para essas variantes a partir de dados de rastreamento de contato.SARS-CoV-2Porquede sua transmissibilidade pré-sintomática.
Com base em 227 domicílios no Reino Unido, William Hart e colegas7 fornecem estimativas há muito necessárias de distribuições de tempo de geração para as variantes alfa e delta. A confiabilidade dessas estimativas é baseada em (1) um estudo prospectivo de domicílios rigorosamente projetado com um tamanho de amostra decente, (2) uma estrutura de modelagem que leva em conta as incertezas tanto na história natural da doença quanto na transmissão dentro dos domicílios, (3) análises refinadas estratificado por faixa etária e estado de vacinação dos casos índice e seus contatos familiares, e (4) uma avaliação abrangente da estimativa de parâmetros e robustez dos resultados para suposições em mudança. Os autores fornecem estimativas tanto do tempo de geração intrínseco, necessário para os modeladores, quanto do tempo de geração do domicílio, que é semelhante à maioria das estimativas existentes paraSARS-CoV-2obtidos por métodos tradicionais que identificam pares de transmissão empiricamente a partir de dados de rastreamento de contato. O modelo atual provavelmente identifica os pares de transmissão com mais precisão porque considera explicitamente a competição entre os casos de contatos suscetíveis.
Os autores estimam que o tempo médio de geração intrínseca seja de 4,7 dias (intervalo de credibilidade de 95% [CI] 4·1–5·6) e o tempo de geração do agregado familiar seja de 3,2 dias (2·5–4·2) para a variante delta. Essas estimativas são mais curtas do que as da variante alfa, que foram 5,5 dias (4,7–6,5) para o tempo médio de geração intrínseca e 4,5 dias (3,7–5,4) para a geração familiar Tempo. O tempo médio de geração do agregado familiar para a variante delta é claramente mais curto do que o das suas estirpes ancestrais (4·0–5·2)8 e é semelhante a outra estimativa de 2·9 dias (2·4–3· 3) para a variante delta em um estudo não domiciliar na China.4 Os autores estimaram um intervalo médio de série domiciliar de 1,8 dias (IC 95 por cento 1·0–2·4) para a variante delta, que é consistente com as estimativas de 2·0–2·5 dias em países asiáticos4,6,7 e é substancialmente menor do que os 3,5 dias (2·7–4·1) estimados para a variante alfa. Uma diminuição proporcionalmente maior no intervalo de série da família (48,6 por cento ) do que o tempo de geração da família (28 por cento , IC de 95 por cento 0–48 por cento ) para a variante delta em comparação com a variante alfa é provavelmente uma consequência do período infeccioso pré-sintomático ligeiramente mais longo (7,8%) da variante delta e sua maior transmissibilidade relativa (39,3% maior) durante esse período (calculado com base nas informações no apêndice 2 p 24 do artigo de Hart e colegas) .7
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As vacinas demonstraram eficácia e eficácia sustentáveis na prevenção de doenças graves e morte devido aSARS-CoV-2em ensaios clínicos e estudos observacionais, com reduções apenas moderadas na eficácia para novas variantes de preocupação. transmissões revolucionárias. No entanto, é possível que o pequeno tamanho da amostra após a estratificação por estado vacinal tenha reduzido o poder do estudo para detectar atrasos moderados. A eficácia inadequada das vacinas na redução dos tempos de geração das variantes alfa e delta, como mostrado no estudo de Hart e colegas,7 sugere que as práticas de quarentena para contatos próximos expostos devem permanecer inalteradas, independentemente do status vacinal.
A variante omicron em ascensão (B.1.1.529) ganhou uma vantagem adicional na taxa de crescimento (2·0–3·5 vezes) de acordo com os Centros dos EUA para Controle e Prevenção de Doenças (CDC), o que pode ser explicado por uma combinação de transmissibilidade inerente melhorada e escape imune. O período de incubação mais curto observado da variante omicron (cerca de 3 dias) implica em um intervalo de geração ainda mais reduzido.10 Estudos domiciliares com desenhos semelhantes ao estudo de Hart e colegas devem ser conduzidos para avaliar a transmissibilidade e intervalo de geração de , omicron para que as políticas de controle possam ser alteradas em tempo hábil, se necessário.
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* Yang Yang, Eben Kenah
Departamento de Bioestatística, Faculdade de Saúde Pública e Profissões de Saúde e Instituto de Patógenos Emergentes, Universidade da Flórida, Gainesville, FL 30611, EUA (YY); Divisão de Bioestatística, Faculdade de Saúde Pública, Universidade Estadual de Ohio, Columbus, OH, EUA (EK)
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Referência
1 impacto da linhagem SARS-CoV-2 B.1.1.7 na Inglaterra. Davies NG, Abbott S, Barnard RC, et al. Transmissibilidade estimada e Ciência 2021; 372: eabg3055.
2 Campbell F, Archer B, Laurenson-Schafer H, et al. Maior transmissibilidade e disseminação global de variantes de SARS-CoV-2 preocupantes a partir de junho de 2021. Euro Surveill 2021; 26: 2100509.
3 Elliott P, Haw D, Wang H, et al. Crescimento exponencial, alta prevalência de SARS-CoV-2 e eficácia da vacina associada à variante Delta. Ciência 2021; 374: eabl9551.
4 Zhang M, Xiao J, Deng A, et al. Dinâmica de transmissão de um surto da variante COVID-19 delta B.1.617.2—Província de Guangdong, China, maio a junho de 2021. China CDC Semestral de 2021; 3: 584–86.
5 Homma Y, Katsuta T, Oka H, et al. O período de incubação da variante SARS-CoV-2 B1.1.7 é mais curto do que o de outras cepas. J Infect 2021; 83: e15-17.
6 Ryu S, Kim D, Lim JS, Ali ST, Cowling BJ. Intervalo serial e dinâmica de transmissão durante a predominância da variante delta do SARS-CoV-2, Coreia do Sul. Emerg Infect Dis 2021; publicado on-line em 14 de dezembro.
7 Hart WS, Miller E, Andrews NJ, et al. Tempo de geração das variantes alfa e delta SARS-CoV-2: uma análise epidemiológica. Lancet Infect Dis 2022; publicado on-line em 14 de fevereiro.
8 Griffin J, Casey M, Collins Á, et al. Revisão rápida das evidências disponíveis sobre o intervalo serial e o tempo de geração do COVID-19. BMJ Open 2020; 10: e040263.
9 Chemaitelly H, Tang P, Hasan MR, et al. Diminuição da proteção da vacina BNT162b2 contra a infecção por SARS-CoV-2 no Catar. N Engl J Med 2021; 385: e83.
10 Jansen L, Tegomoh B, Lange K, et al. Investigação de um cluster variante SARS-CoV-2 B.1.1.529 (micron)—Nebraska, novembro-dezembro de 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2021; 70: 1782-84.
